会议主要研讨了重大专项组织管理的经验、存在的问题和障碍、有关建议等内容。与会代表认为，通过重大专项的实施，各领域都取得了较大成就；应用牵引、产学研用相结合的组织实施经验值得推广；要及时研究解决重大专项实施过程中的突出问题，如重大专项的组织管理效率有待提高，现行经费管理方式脱离科研实际，立项审批周期过长，相关监督检查和验收过繁过细，影响科研工作的正常开展等。
专家组认为代表们的意见和建议很有见地，反应了科研人员的心声。齐让表示，有关意见建议经梳理后，将会体现在监督评估总体报告中。对于重大专项实施中存在的问题，要采取分类管理、分步实施的方式加以解决，尤其是长期解决不了的老问题，可以进行小范围试点尝试、成功后推广。
